Скорее всего у вас есть какая-то программа, которая иногда открывает новые окна для каких-либо уведомлений. Это могут быть почтовые клиенты, антивирусы или программы для обмена сообщениями.

Есть несколько путей решения:

1. Настроить их так, чтобы окошки не появлялись (особенно при работе полноэкранных приложений).
2. Отключить эти программы вообще.
3. Перевести степманию в режим окна (окно можно растянуть на весь экран).